Muzeum zostało założone przez Starostwo Powiatowe w Benešovie jako Galeria Sztuk Pięknych w 1990 roku. W pierwszych latach służyła publiczności tylko sala wystawowa, otwarte studio i sala medialna. Wystawy kontynuowały czterdziestoletnią tradycję prezentacji sztuki w tzw. sali Ladislava Šímy, beneszowskiego malarza i muzyka. Stopniowo rozwijała się również działalność akwizycyjna, wspierana przez Czeskie Muzeum Sztuk Pięknych i lokalnych darczyńców. Dla publiczności otwarto stałą ekspozycję sztuki regionalnej, herbaciarnię, a później stałe instalacje sztuki czeskiej XX wieku - grafiki, fotografii, projektowania graficznego, rzeźby i malarstwa.
Muzeum wykorzystuje również do swojej działalności zewnętrzną przestrzeń wystawienniczą w holu biblioteki miejskiej, nie tylko na wystawy, ale także na imprezy edukacyjne i kulturalne. Kolejna zewnętrzna ekspozycja znajduje się na parterze kolegium pijarów przy kościele św. Anny na placu Masaryka. Od 2016 r. zarządza podziemiami Benešova pod ratuszem, gdzie obecnie znajduje się tak zwana Experimenta, wystawa przeznaczona specjalnie dla dzieci.
Oprócz zarządzania kolekcją, program muzeum koncentruje się na organizowaniu wydarzeń kulturalnych, wykładów, prelekcji, koncertów, pokazów filmowych i warsztatów artystycznych dla publiczności. Obecnie kolekcja obejmuje obiekty z zakresu malarstwa, grafiki, fotografii, rzeźby i designu. W kolekcji znajduje się około 13 000 obiektów, dla których tworzone są obecnie nowe depozyty w związku z renowacją głównego budynku. Muzeum jest członkiem Rady Galerii Republiki Czeskiej oraz Stowarzyszenia Muzeów i Galerii Republiki Czeskiej.
Długoterminowa wystawa poświęcona historii regionu Benešov, która należy do Benešovskiego oddziału Muzeum Podblanickiego, jest również tymczasowo dostępna za pośrednictwem Muzeum Sztuki - zostanie zamknięta od 2 października 2023 r. I przeniesiona do Kolegium Pijarów, gdzie powinna zostać otwarta najwcześniej w 2025 r.